در دانشگاه های غیر دولتی معمولا هیئت امناء ، که طرز انتخاب و دوره خدمت اعضای آن از طرف مقامات ذی صلاح تعیین می شود عهده دار وظایف مذبور بوده و مسئول انتخاب رئیس کتابخانه است . هیئت مذبور در اداره دانشگاه نیز اختیاراتی دارد و می‌تواند مقررات اداری مربوط به کار خود و ارتباط با دانشگاه را تنظیم و تعیین کند و به مرحله اجرا گذارد . مجموع مقررات فوق معمولا نظام نامه خوانده می شود و مسائل اساسی کتابخانه مرکزی بر مبنای مواد مندرج در آن حل و فصل می‌گردد . به هر حال در اینگونه مؤسسات طبق آیین نامه هایی که در نظام نامه ،اساسنامه صنفی یا کتابچه راهنمایی مؤسسه پیش‌بینی شده است ، صلاحیت رئیس کتابخانه ،وظایف اصلی او ، چگونگی وظیفه ی کمیته کتابخانه و رابطه کتابخانه یا گروه‌های آموزشی و مسائل انتخاب کتاب و غیره مطرح و تصریح شده است. ( علومی ، ۱۳۹۰ )
۲-۴-۱: اهداف کتابخانه‌های دانشگاهی.
اهداف کتابخانه دانشگاهی دقیقا منطبق با اهداف سازمان مادر آن یعنی دانشگاه است ، این اهداف را میتوان به این صورت بیان کرد:
۲-۴-۱-۱ : اهداف کلی.
کمک به برنامه های آموزشی در کلیه رشته هایی که در دانشگاه تدریس می شود
کمک به برنامه های پژوهشی دانشگاه
کمک به برنامه ریزی های آموزشی دانشگاه.( مزینانی ، ۱۳۸۲)
۲-۴-۱-۲ : اهداف ویژه.
تهیه کتاب ،نشریات و مجموع مقالات و مواد مورد نیاز اعم از نوشتاری یا دیداریٍ / شنیداری منطبق با برنامه های اختصاصی و ،آموزشی دانشگاه یا مؤسسه آموزش عالی،
تهیه ، جمع آوری و تنظیم کتاب شناسی تمام پایان نامه های تحصیلی دوره های مختلف آموزشی و تحقیقاتی دانشگاه،
تهیه تجهیزات اطلاع رسانی و ارتباطی برای استفاده عملی دانشجویان ، محققان و استادان به طور انفرادی و مستقل نظیر رایانه ، میکرو گراف ، میکرو فیش ، میکرو فیلم ، میزهای مطالعه انفرادی و ایجاد تسهیلات از نظر شرایط مکانی متناسب و حتی اتاقهای مطالعه انفرادی،
راهنمایی و ،آموزش دانشجویان و محققان جوان برای یافتن منابع و اطلاعات مورد نیاز و بهره گیری بیشتر از امکانات و کاربرد وسایل موجود. ( علومی ، ۱۳۹۰ )
۲-۴-۲: سازمان و مدیریت کتابخانه‌های دانشگاهی .
کتابخانه‌های دانشگاهی برای آنکه بتواند وظایف بزرگ خود را در امور آموزش و پرورش انجام دهد باید توسط کتابداران متخصّصی که از فلسفه و روش های آموزش آگاهی دارند اداره شود .
پاره ای از تحولات جدید در سازمان و اداره کتابخانه‌های دانشگاهی اثر عمیق گذاشته اند که از آن جمله اند :
۱ : تأکید بر یادگیری چند بعدی که موجب شده حتی وسایل الکترونیک و ماشین های آموزشی در کتابخانه ها قرار گیرند .
۲ : گسترش مفهوم مرکز منابع آموزشی که جایگزین کتابخانه شده و در واقع از دبیرستان به دانشکده و دانشگاه راه یافته است . این تحول موجب شده است که کتابخانه سازمان وسیعتر پیدا کند و مثلا دارای آزمایشگاه زبان ، استودیو ، تلویزیون و کلاس باشد .
مشکلاتی نیز در سالیان اخیر پدید آمده که موجب پیچیدگی سازمان کتابخانه‌های دانشگاهی شده است . به پاره ای از آن ها اشاره می‌کنیم :
۱ : افزایش سریع شماره دانشجویی که به معنای افزایش سریع تقاضا برای کسب اطلاع و خدمات بیشتر است .
۲ : گسترش سریع دانش بشری و رشد انتشارات جدید و شکل های تازه تدوین نوشته ها که خود در گزینش و گرد آوری و نظم بندی دشواری هایی را پدید آورده است .
۳ : هزینه ی روز افزون کتابخانه ها .
۴ : ارائه رشته‌های جدید آموزشی و توسعه رشته‌های موجود در سطوح بالاتر .
۵ : ایجاد و توسعه شیوه های نوین آموزشی و تأکید شدید بر مطالعه فردی .
از نظر سازمان تا چند دهه گذشته ، کتابخانه‌های دانشگاهی دارای یک مجموعه یا کتابخانه مرکزی بود که در آن هر گونه مطلب برای دانشجو و استاد ، در هر سطح و رشته گرد آمده بودند . و در عین حال دانشکده نیز کتابخانه ای جدا و خاص خود داشت . امروز ، علاوه بر این تشکیلات ، نمونه های سازمانی جدیدی پدید آمده اند . بعضی دانشگاه ها برای دوره چهارساله دانشکده های خود بنایی جدا ساخته اند و همه مواد و تسهیلات و خدمات لازم را برای دانشجویان این دوره گرد آوری کرده‌اند . در مقابل کتابخانه مرکزی دانشگاه خدماتش را متوجه دانشجویان دوره عالی ، گروه پژوهندگان و استادان کرده‌است . یکی از مسائل که در مورد سازمان کتابخانه‌های دانشگاهی پیوسته مورد بحث بوده تمرکز یا عدم تمرکز کتابخانه‌های یک دانشگاه است که گروهی نتیجه بحث ها را تمرکز اداری و عدم تمرکز جغرافیایی یا پراکندگی بنا یافته اند . ( ابرامی ، ۱۳۸۶ )
۲-۴-۳ : نیروی انسانی کتابخانه‌های دانشگاهی .
با توجه به عملکرد و وظایف کتابخانه‌های دانشگاهی ، کتابداران شاغل در این نوع کتابخانه ها ، باید تحصیلات عالی کتابداری داشته باشند . بدین معنا که در بخش های اصلی کتابخانه باید کتابداران با مدارک تحصیلی کارشناسی ، کارشناسی ارشد و بالاتر مشغول به کار شوند تا بتوانند ارتباط بهتری با مخاطبان خود یعنی اساتید و دانشجویان برقرار کنند . ریاست کتابخانه‌های دانشگاهی معمولا بر عهده اعضای هیئت علمی با تحصیلات دکتری است و برای بهبود فرآیندهای کتابخانه بهتر است این مسئولیت به فارغ التحصیل مدرک دکتری کتابداری که عضو هیئت علمی دانشگاه نیز هستند واگذار شود . در پیش نویس استانداردهای کتابخانه‌های دانشگاهی ایران که کتابخانه ملی منتشر کرده ، چگونگی نیروی انسانی این کتابخانه ها از نظر کیفی و کمی ارائه شده است . ( مزینانی ، ۱۳۸۲)
۲-۴-۴ : مجموعه سازی در کتابخانه‌های دانشگاهی.
کتابدار برای شناخت نیازهای اطلاعاتی جامعه کتابخانه‌های دانشگاهی باید از برنامه ها و رشته‌های آموزشی دانشگاه در مقاطع مختلف تحصیلی ، روش های مختلف تدریس ، برنامه های پژوهشی و تعداد دانشجویان هر رشته مطلع باشد:
